Ну данные которые оптимизируются на сайте с БД тоже индексируются. К примеру таже гостевая книга если будет работать не с бд, а с текстового файла куда записываются сообщения, то такая гостевая не будет индексироваться.
цмс в принципе уже заточен под простоту в оптимизации, все зависит от требований самого сайта.
Нет абсолютно никакой разницы, на чем написан сайт: собран ли руками или поднят на Битриксе. Важен результат. А результат это: качественный код, правильная навигация, SEO-оптимизация и качественное содержимое.
На практике же, как правило, собранный руками сайт бывает качественнее, потому что готовые решения зачастую несут в себе кучу программного мусора (попробуйте сохранить документ MS Word как html-файл и почитайте его код, CMS по умолчанию обычно творят такой же беспредел). Но, поработав руками месяц-другой, любой сайтостроитель приходит к необходимости использования CMS, ибо электродрель удобнее коловорота. Разница в этом плане в том, что составивший ручками 500 страниц сайта автор будет гораздо лучше ориентироваться в том, что ему нужно от CMS. Начавший с CMS неумека же считает, что если визуальный результат похож на желаемый, то можно остановиться. Ручной труд всегда качественее и ценится выше, но в наше время точить карандаши руками — дурной тон.
Да дело даже не в том как они будут крутится, а в том какие требования предъевляешь к будующему сайту. Если сайт визитка, прокладка, на десяток страниц, и тому подобное, то думаю не адекватно делать такой сайт на цмс.
Лично у меня последние 5 сайтов самописные, и самописные потаму что подобное им либо не выполнить на цмс, либо малостраничный сайт.
Добавлено спустя 10 минут 08 секунд
И еще про требования к сайту:
как я уже сказал, что основным критерием для способа создания сайта, служит требование к самому сайту:
к примеру подобные сайты крайне не рекомендуется делать на цмс http://www.wmmail.ru/index.php?cf=flood-viewvopros&vid=137975
978.57 
Какой сайт лучше будет крутиться?
