Тут очень многое зависит от вас самих и от вашего подхода. Если вы программист, то вы либо уже знаете необходимые низкоуровневые технологии (PHP, SQL, HTML, JavaScript, CSS), либо можете их изучить. Тогда сторонний движок не особо нужен, поскольку вы сможете написать всё самостоятельно, и для вашего магазина это будет только лучше. Ну а если программировать не хотите или не умеете, то подбирайте CMS.