Ну раз пропадает шапка, значит на внутренних страницах не выводится шаблон хидера.
Посмотреть надо думаю файлы записей и добавить вывод хидера.
Какие файлы в магазинах не знаю, наверное single.php или что то в этом роде.
Но это не точно. Копаться нужно. Может кто подскажет