Вижу два варианта:
1) Прогнать видюху через фильтры какого-либо видеоредактора.
2) Самый простой вариант - в том же редакторе просто убрать вообще старое аудио и накатить новое.
Какой выбрать видеоредактор - тут уж на вкус и цвет, как говорится, т.к. их сотни - гугл в помощь.
Во некоторых видеоредакторах есть возможность выделить аудиодорожку в отдельный файл. Затем этот аудиофайл можно обработать в программе обработки звуковых файлов, хотя-бы Nero Wave Editor. Затем в видеоредакторе сделать замену старой звуковой дорожки на новую обработанную и сохранить всё видео в нужном формате. Я когда-то очень давно так делал, но не помню какой видеоредактор использовал.