Архивируем все папки и файлы сайта, затем копируем их себе на компьютер с помощью FTP.
Есть другой вариант воспользоваться сохранением резервной копии сайта сделанной хостером, они там обычно в архиве лежат уже и можно просто скачать ее себе на компьютер любым файловым менеджером.
Добавлено спустя 01 минуту 09 секунд
Да все хостеры такое предоставляют и делают бекап постоянно, раз в сутки или как установлено тарифным планом. Достаточно просто скачать себе этот бекап